Năm 1994, Đại Đức Thích Chí Trung được cử về trụ trì tại chùa. Lúc đó, các hạng mục kiến trúc đã xuống cấp nghiêm trọng. Để khôi phục lại di tích, nhà chùa đã vận động phật tử đóng góp công đức trùng tu, xây dựng lại chùa, tháp, dựng lại bia.

Năm 2002 sư thầy tiếp tục vận động các phật tử quyên góp xây dựng 10 gian nhà Tổ theo kiểu chữ "nhị" rộng 130 m2 trị giá 300 triệu và năm 2010 xây toàn bộ khu nhà bếp, công trình phụ cho nhà chùa trị giá 400 triệu đồng.[4]

Năm 2005, ngôi chùa được Nhà nước đầu tư 3 tỷ đồng xây dựng 10 gian chính điện, diện tích 180m2 với kiến trúc kiểu chữ đinh, tiền đường chồng diêm 8 mái. Năm 2007, chùa tiếp tục được đầu tư 10 tỷ đồng hoàn thiện các hạng mục như tam quan, 2 gian nhà bia, 7 gian nhà khách, 7 gian nhà tăng.[5]

Hiện nay, chính điện chùa xây mới hoàn toàn, có kiến trúc kiểu chữ Đinh, với 7 gian tiền đường, 3 gian hậu cung. Kết cấu khung chùa bằng gỗ lim với 12 cột cái đường kính 50 cm, cao 7,2m và 16 cột quân đường kính 42 cm, cao 3,5m được nối theo kiểu "chồng rường bát đấu" là kiểu kiến trúc thời Trần. Mái chùa gồm 8 mái, 8 đầu đao, lợp ngói mũi hài, trên nóc đắp bờ, chính giữa đắp nổi bốn chữ Thanh Mai thiền tự. Hệ thống thờ tự hiện nay không còn giữ được pho tượng cổ nào, các tượng hoàn toàn được làm mới trong khi trùng tu. Đáng chú ý là các pho tượng đều được thếp vàng và 2 pho tượng hộ pháp uy nghi cao 3m được tạc hoàn toàn bằng gỗ mít. Cách bài trí, phối thờ tượng trong chùa theo dòng Lâm Tế tông với 6 bệ thờ.[4]

Vết tích của chùa Thanh Mai cổ chỉ còn gạch, nền chân tảng và một số bức tường theo từng khu, có khoảng chín nền chùa cũ. Các hiện vật cổ còn lưu giữ tại chùa bao gồm:

• Viên Thông Bảo Tháp xây dựng năm 1334 trên có bia đá
• Tháp Phổ Quang được xây dựng năm Chính Hoà thứ 23 (1702)
• Tháp Linh Quang xây dựng năm Chính Hoà thứ 24 (1703)
• 5 ngôi tháp mộ khác chưa xác định niên đại.
• Trong chùa cũng còn 4 tấm bia: hai bia đá bốn mặt thời Lê, một bia thời Mạc, và một bia thời Trần là Thanh Mai Viên Thông tháp bi đã được công nhận Bảo vật quốc gia đợt 5.

Bao quanh chùa Thanh Mai là một khu rừng phong tạo nên một cảnh quan đặc trưng riêng cho phong cảnh chùa. Vào mùa đông - xuân, khi rừng phong chuyển màu lá sẽ tạo ra con đường dẫn lên chùa rải lá phong nhiều màu: đỏ, cam, vàng, nâu. Nếu con đường lên chùa chỉ rải rác lá phong đỏ thì từ chùa đi lên phía trên núi lá phong càng dày đặc. Vào sâu trong rừng, có những cây phong cổ thụ vươn mình cao lớn, những cây phong con lớp nọ, lớp kia đỏ vàng đặc biệt.[6]